Lužnice příslušela pánům z Landštejna

Kdy byla založena, není sdostatek známo. Je však obcí velmi starou jako všechny obce, jejichž jména končí na – ice. Jelikož byla stavěna do podkovy, i to je důkazem jejího staršího původu.

Dějiny Lužnice jsou úzce spjaty s dějinami Lomnice nad Lužnicí a Třeboně. Lužnice příslušela ke statku lomnickému a s ním pak pánům z Landštejna. Třeboňský klášter měl v Lužnici vykázané obilní desátky, a to z každého lánu a i ze svobodného dvora, jenž tu stával.
První písemný doklad o existenci obce Lužnice pochází z roku 1371. V listině uložené ve Státním ústředním archivu v Praze je uváděna jako Luznicz.
Jméno řeky Lužnice je prvně doloženo ve 12. století: v roce 1179 jako Lunsenize rivulus, r. 1185 Lvsnitz.
R. 1392 se připomíná Jeník Michal z Lužnice, r. 1409 Rybka z Lužnice, královský lovčí v Lomnici, jejž poslal r.1422 Žižka do Třeboně nejspíše za příčinou vzdání se města, což se neuskutečnilo.

R. 1424 snažil se dobýti Třeboně zmíněný Rybka z Lužnice, ale smrt Žižkova dobývání zastavila.
R. 1433 odkázal panoše Jan, řečený Kbelec z Lužnice, svůj statek, což měl na dvorech a lidech v Lužnici, pro všeobecnou jistotu svému bratru Janovi, opatu kláštera třeboňského. R. 1435 vzdala se husitská Lomnice panu Oldřichovi z Rožmberka a s ní dostala se Lužnice k panství v Třeboni.
R. 1511 osvobozeni jsou obyvatelé Lužnice od úmrtí.
Asi v polovině 15. století měla vesnice 6 lánů 1 věrtel polí, bylo tu 25 hospodářů se sedmi lány 3 věrtelu.
Za třicetileté války byla obec úplně vypálena a pustá, takže roku 1625 tu nebylo živé duše. Pomalu shledáváno rozprchlé obyvatelstvo a domy za pomoci panství zase stavěny a role vzdělávána.
V roce 1630 měla Lužnice ještě 6 spálenišť, v roce 1654 bylo zde dosud jen 14 usedlých.
V roce 1660 připadla obec Švarcenberkům.
Roku 1840 bylo v Lužnici 49 domů, 98 rodin se 449 obyvateli.

Dějiny školy
Ve školní kronice je zaznamenáno, že podle ústního podání byla škola v obci již v 18. století. Nejstarší budova se připomíná v čísle 41, pozdější kovárně.
V letech 1830 - 1833 vystavěna byla škola jednotřídní v čísle 48, ta pak rozšířena v roce 1883 na dvoutřídku, když počet dětí přestoupil 111. Do této školy chodily i děti ze sousední obce Přeseka až do roku1873.
Přístavba druhé třídy stála i s vnitřním zařízením 2 900 zlatých a uhrazeny byly odprodáním pozemků za mlýnem, ostatní bylo vypůjčeno ze záložny v Třeboni.
Prvním známým učitelem byl zde v letech 1805 -1843 Josef Píbl, po něm Ant. Blažek až do roku 1855. Za tohoto byla založena kolem kaple školka morušová, neboť on sám pěstoval mnoho bourců.
R. 1889 byla povolena v Lužnici zimní hospodářská škola pokračovací a v ní se vyučovalo vždy večer až do první světové války.
Nová školní budova byla v zastupitelstvu schválena po dlouhých průtazích v r. 1929. Základní kámen byl položen 5. října 1930.
Obec uzavřela komunální výpůjčku u Občanské záložny v Lomnici nad Luž. ve výši 300 000 Kč a následkem toho zavedla 350% obecní přirážky - nejvyšší přípustné a též dávky ze psů 10 Kč ročně a dávku z piva z 1 hl. Dále k úhradě výloh vzniklých se stavbou školy prodala obec místní kovárnu za 30 000 Kč a starou budovu školní za 44 000 Kč.
Slavnostně byla nová budova otevřena 28. srpna 1931za účasti významných hostů. Klíče od budovy byly předány řídícímu učiteli Františku Zvánovcovi. V roce 1946 byla při základní škole otevřena jedna třída mateřské školy. Pro nedostatek dětí byla základní škola v červnu 1978 uzavřena a děti začali dojíždět do Základní školy Lomnice nad Lužnicí. V roce 1991byl provoz znovu obnoven. Otevření školy předcházelo přípravné období, ve kterém rodiče i ostatní občané připravovali učební prostory. Byla otevřena jedna třída a školní družina, v činnosti pokračovala i mateřská škola. V roce 2003 dostala budova školy novou fasádu.

Dějiny kaple
První nejstarší kaplička v Lužnici byla, jak uvádí obecní kronika, dřevěná, po jejím zániku byla postavena zcela malá kaplička zděná, zasvěcená sv. Janu Nepomuckému, jehož socha, v životní velikosti, byla umístěna na oltáři. Stála uprostřed návsi.
Roku 1875 byla kaplička zbořena a na jejím místě postavena nynější velká kaple, zasvěcená témuž světci. Socha však byla umístěna na mostě řeky Lužnice, kde je dosud. Na oltář v kapli koupen byl obraz sv. Jana, originál E. E. Weise z Prahy, malovaný na plátně s datem 1875. Ve věži byly umístěny dva zvony. Malý - umíráček, sem byl přenesen ze staré kapličky, a velký zvon koupený během stavby této kaple.
Za druhé světové války při velké spotřebě barevých kovů byly také v Lužnici zvony sňaty za účelem zrekvírování. Když už měly být odevzdány, zjistil místní kovář, že velký zvon je z ocele a tak úřady odebraly obci pouze zvon umíráček, velký zůstal a upevněn byl znovu na věži. Při tom se vysvětlilo, že když se stavěla kaple a sedláci kupovali zvon, objednali levnější a tím nepřímo zvon zdejší kapli zachránili.
Cyklus obrazů „Křížová cesta“ byly prodány do kapličky v Přesece za 4 zlaté. Do nové kaple byla zakoupena nová „Křížová cesta“, která je tu dosud.
Kaple byla zbudována nákladem 1900 zlatých. K úhradě výloh byly z části odprodány obecní pozemky, něco daroval P. Bárta (kněz, zdejší rodák), rolníci zdarma vozili kámen a cihly a konečně k témuž účelu odprodali sedláci obecního býka.
Kaple je po celou dobu majetkem obce a slouží nejen k církevním obřadům, ale i ke konání koncertů.