Milada Emmerová a Jiří Zimola jsou nejvyššími představiteli Výboru regionální rady regionu soudržnosti, který je poslední instancí rozhodující o vyplacení peněz z Regionálního operačního programu.
Úplně nové zhodnocení projektů ministerstvy financí, místního rozvoje a úřadem regionální rady může trvat až čtyři měsíce a vyžádá si dalších 10 milionů korun.

Poté, co policie ve spolupráci s ministerstvem financí odhalila nestandardní jednání ředitele úřadu regionální rady Jiřího Trnky a jeho spolupracovníka Martina Půlpytla, bylo na jedné straně zahájeno stíhání obou výše zmíněných osob a na druhé předsedkyně Výboru regionální rady Milada Emmerová odmítla podepsat schválené projekty od 5. výzvy výše.

V nejistotě se tak ocitli ti žadatelé, jimž byl schválením projektu přiznán statut příjemce. Mezi ně patří Hospic sv. Jana N. Neumanna v Prachaticích, ale také žadatelé z řad obcí nebo podnikatelů. Ohrožena byla řada významných staveb infrastruktury, jako například zanádražní komunikace v Českých Budějovicích.

Kritika představitelů výboru šla na vrub nekoordinovaného přístupu jihočeského hejtmana a jeho plzeňské kolegyně. Jiří Zimola se brání: „Hejtmani v krajích přece zastupují své regiony a nemohou odpovídat za projekty v sousedním kraji. Nehledě na to, že pan ministr měl dát od začátku jasně najevo, jaký postup v novém hodnocení projektů preferuje. To se stalo až nyní, kdy doporučil přednotit všech 670 projektů 5. a 6.výzvy.“