O uspořádání rozsáhlého archivu a knihovny se zasloužil rožmberský archivář Václav Březan. Později převzali řadu rožmberských panství Schwarzenbergové, kteří v průběhu 18. a 19. století nechali veškeré archiválie znovu uspořádat podle systému, který je využitelný dodnes.

Na zámku sídlil archiv až do roku 2014, kdy se administrativní jádro přestěhovalo do areálu bývalého augustiniánského kláštera. Zde se kromě kanceláří nachází také badatelna, knihovna a fotografické a restaurátorské dílny. Samotné depozitáře jsou stále situovány v zámeckých prostorách. Archiváři pravidelně využívají tzv. dlouhou chodbu, která vede přes Budějovickou bránu a propojuje zámek s klášterem. Ve zrekonstruované budově kláštera jsou však připraveny i nové depozitáře, kam se v blízké době přestěhuje velká část archivních fondů ve správě Státního oblastního archivu v Třeboni.

Anna Fišerová