Město, před válkou z 95 procent české, se za německé okupace změnilo v německy mluvící. Před koncem války už tvořili drtivou většinu ze zhruba 6 000 obyvatel Českých Velenic, přejmenovaných za Gmünd 3 - Bahnhof, německy mluvící přistěhovalci, především z Dolních Rakous. Kromě nich ale do města byla za války totálně nasazena asi tisícovka českých dělníků z Protektorátu Čechy a Morava, kteří v železničních dílnách a v dopravě vystřídali zaměstnance povolané do německé armády.

S blížícím se koncem 2. světové války, který provázel ústup německých vojsk, Spojenci své vítězné tažení podpořili masivním bombardováním. Jeden z nejhorších náletů se odehrál právě ve Velenicích: 23. března 1945. Útok na železnižniční uzel, kde se křižovaly tratě do Vídně, Lince, Prahy a Plzně a který umožňoval transporty raněných německých vojáků a civilistů z jihu Evropy do Velkoněmecké říše a také převoz chybějící munice a německých rekrutů na hroutící se bojiště, si vyžádal stovky obětí, včetně civilistů. 

První letadla s bombami, která odstartovala z jihoitalských základen, se nad městem objevily před polednem. Útok provedla skupina 146 letounů B-24 Liberator z 55. bombardovacího křídla 15. USAAF, která zaútočila z výšky 8000 až 10 000 metrů ze směru od Rakouska přes velenický hřbitov. Během necelých dvaceti minut Američané shodili asi 4800 pum o celkové hmotnosti 275 tun.

Zasáhly nejen železniční uzel se seřazovacím nádražím a tamní opravárenské dílny, ale i 120 civilních domků. Kolik přesně zahynulo lidí, nelze s jistotou určit. Odhady se různí. Mezi domácími obyvateli se totiž pohybovala řada dělníků, zajatců, uprchlíků, lidí z vlakových transportů i vojáků. Podle archivních dokumentů zahynulo 150 místních obyvatel, avšak předpokládá se, že šlo i o dalších více než 1100, možná až 1300 lidí.

Nález bomby u českovelenického vlakového nádraží vyvolal ve městě u hranic rozruch. Porada zástupců integrovaného záchranného systému.
Nález nevybuchlé letecké bomby zastavil vlaky

Po válce město zůstalo plné munice

Jak na přednášce v Muzeu Jindřichohradecka před několika lety připomněl pyrotechnik Karel Ludvík: „Podle statistik Policie ČR bylo od roku 1945 zajištěno v Českých Velenicích celkem 30 ks leteckých bomb ráže 100 (48,2 kg) a 250 (117 kg) liber. Jeden z posledních nálezů pak pochází z roku 1993, kdy město provádělo výstavbu nové kanalizace. Před budovou nádraží byla tehdy obnažena 100 liberní letecká puma, v přilehlé aleji stromů byly nalezeny další o hmotnosti 250 liber. Likvidace se tehdy prováděla v nedaleké pískovně, v případě 100 liberní pumy se „vydlabala“ trhavina (TNT) a puma se odvezla ke zničení na trhací jámu v Boleticích.“

Velká nevybuchlá letecká bomba se na českovelenickém nádraží našla také v červenci roku 2009. 

Cílem byly i České Budějovice

„Letadla startovala z jihu Itálie směrem na olejové rafinerie v německém Ruhlandu severně od Drážďan. Bylo určeno celkem šest operačních skupin, z nichž jedna měla za úkol bombardovat také vlakové nádraží v Českých Budějovicích, které bylo železniční tepnou. Dvacet pět až třicet letadel bombardovalo také železniční uzel v Českých Velenicích – Gmündu. Pamětníci uvádějí, že k útoku došlo krátce po poledni,“ upřesnil pro Deník v minulosti archeolog Muzea Jindřichohradecka a šéf Klubu historie letectví Vladislav Burian.

Oldřich Tripes pozoroval nálety na Budějovice z vlaku, jímž jako školák ujel z města k domovu.
Z vlaku jako dítě sledoval, jak na město dopadají smrtící bomby

Podobný obraz zkázy jako ve Velenicích tedy zavládl i v Budějovicích. Tamní nádraží s jeho výtopnou bylo cílem několika létajících pevností B17, které se vracely z Drážďan: zasaženy byly také dva mosty. Zahynulo tehdy na padesát lidí, hlavně z řad železničářů. Hlavní nálet na jihočeskou metropoli přišel ale až následující den, když devadesát amerických B-24 na město svrhlo přes 3000 pum. Ty zasáhly vinou silného větru a tím zapříčiněného snosu pum i obytné domy v okolí nádraží, hlavně v Havlíčkově kolonii, Pětidomí a také v Suchém Vrbném. Nálet odnesla také budějovická úřadovna gestapa. Celkem si vyžádal více než 200 obětí a obrovské materiální škody.

Po náletech v březnu 1945 zůstalo v Českých Budějovicích mnoho zmařených životů a zničených domů. Na snímku divadlo.
Desítky nevinných lidí zemřely při náletech na Budějovice