Deštná – Čí vláda, toho i náboženství. Totéž platilo pro rožmberské vladaře, i když ne absolutně. Známe třeba Oldřicha II. z Rožmberka, který v bouřlivé husitské době povoloval podle potřeby dané situace na svých panstvích podávání z kalicha, aby zanedlouho husitské kněze z farností vyháněl a věznil.
Také Vilém z Rožmberka byl věrný katolictví svého rodu. Ale, jak napsal tehdy žijící Vilémův historiograf Václav Březan, „evangelíků nikdy netupil.“
Náboženskou toleranci dokázal svými dvěma sňatky s nevěstami luteránského vyznání. Přesto zůstal věřícím katolíkem. Obdobná náboženská praxe byla i na jeho panstvích, kde tehdy u poddaných převládala husitská i luterská víra.
Faráři podávali pod jednou i podobojí, podle přání věřících. Totéž platilo i v Deštné, kdy například v roce 1552 byl u kostela sv. Ottona ženatý kněz. Nebylo to nic divného ani u kněží katolických.
Dokázala to vizitace světského kněžstva, svolaná do Třeboně r. 1584 papežským nunciem.
Prelát byl zděšen stavem českého kléru, jeho nevědomostí a nemravným životem – kněží žili spokojeně rodinným životem – farníkům to nevadilo.
V roce 1565 Petr Vok z Rožmberka obdržel od bratra Viléma choustnické a další dvě panství, a začal ze svého sídla v Bechyni samostatně hospodařit. Vírou se blížil k protestantismu, a v osmdesátých letech 16.století již nezakrytě vyznával ilegální náboženství Jednoty bratrské. Podle některých zmínek sloužil v té době v deštenské farnosti katolický kněz Jakub Macerius. Církvi podobojí chyběli kněží, protože je arcibiskup odmítal světil.
Deštenským to nevadilo, protože Macerius jim podával svátost oltářní podle jejich přání.
Po smrti svého bratra Viléma (+ 1592) převzal Petr Vok z Rožmberka nejen velké rožmberské dominium, ale také obrovské dluhy. Byl donucen prodávat svá okrajová panství – tedy i choustnické, včetně Deštné.
Jejím novým majitelem se stal rytíř Vilém Ruth z Dírné, byl evangelické víry, takže se na Deštensku náboženství neměnilo.
Těžké doby katolické protireformace měli naši předkové zažít až po 1620. František Kvapil