V roce 1561 vstoupil Jakub Krčín do služeb Rožmberků. Přimluvila se za něj Eva z Rožmberka (1537–1591), kterou zachránil v lese po pádu z koně. Byl jmenován podpurkrabím a o rok později purkrabím Českého Krumlova.

V Třeboni patří k tradičním akcím Historické slavnosti Jakuba Krčína, které se konají
v červenci. Podívejte se.

Na začátku svého krumlovského působení věnoval hlavní pozornost dvorům, ovčínům a pivovarům. Zajímal se ale také o rybníkářství. Jeho prvotinou byl rybník Počátek mezi obcemi Třebonín a Zlámaný Svinec (Dolní Svince) na Krumlovsku. Vodní plochu s charakteristickým jménem vyměřoval Krčín počátkem jara roku 1564.

Roku 1569 se stal regentem (vrchním hejtmanem) rožmberského panství. Ve výstavbě rybníků na Třeboňsku navázal na Josefa Štěpánka Netolického († 1538), mnoho rybníků vybudoval (například Spolský, Potěšil) nebo rozšířil (například Opatovický, Záblatský, Dvořiště, Naděje a Skutek). V roce 1571 založil rybník Nevděk (dnešní Svět), kvůli kterému nechal zbourat část Třeboně. Dokončen byl v roce 1574.

Pomník Jakuba Krčína z Jelčan u třeboňského Světa.
Tajemno: Krčín se spojil s ďáblem

Ke stavbě svého životního díla, největšího českého rybníku Rožmberk, přistoupil Krčín roku 1584. Práce na vodní ploše na Lužnici trvaly 6 let. Během této doby bylo přemístěno 750 000 m3 zeminy a zátopa činila 1000 ha. V posledních letech na stavbě rybníka pracovalo každý den 400–500 poddaných z okolních panství a skupiny neusedlých rybníkářů. Hráz byla nakonec dlouhá 2430 metrů a plocha rybníka činila asi 1060 hektarů, v současnosti je jeho rozloha zhruba poloviční. Rybník Rožmberk Krčín dokončil v roce 1589. Toho roku zároveň opustil rožmberské služby a odstěhoval se na svůj statek Sedlčany, kde roku 1604 zemřel.

Svým dílem Jakub Krčín završil zlatý věk rožmberského rybníkářství. V Třeboni ho připomíná pamětní deska na domě č. p. 114 v Krčínově ulici, a jeho socha shlíží z kamenného podstavce na hrázi rybníka Svět.