Dlouhodobý spor o výši úhrady za poskytované služby v oblasti veřejné dopravy vyvrcholily podáním správní žaloby u Ministerstva vnitra. 
V prohlášení, které JHMD vydaly v minulém týdnu, se upřesňuje, že žalovaná částka je zhruba 40 milionů korun a každým dnem narůstá.
Podle statutárního ředitele úzkokolejky Borise Čajánka se ale jedná o oprávněný požadavek. „Ta suma se možná někomu může zdát astronomická, ale je třeba si uvědomit, že kraje nám neplatí peníze, na něž máme dle našeho soudu nárok už od roku 2010. Vyjednávat jsme se snažili až do konce května a když to nikam nevedlo, museli jsme 
s péčí řádného hospodáře přistoupit k tomu kroku, který je pro nás o to těžší, že se jedná 
o naše letité smluvní partnery," uvedl Boris Čajánek, jenž považuje jednání krajů za diskriminační. „Provozovattelům autobusové dopravy je rovněž proplácena celá uznatelná ztráta včetně přiměřeného zisku a stejně jsou na tom i České dráhy. Nám však byly doposud vyplácené pouze zálohy a konečné vyúčtování nebylo nikdy bráno v potaz," stěžuje si ředitel JHMD a dodává, že společnost tak dotuje veřejnou dopravu z vlastních zdrojů.
„Navíc se z krajského pohledu jedná o naprosto marginální částku, kdežto pro nás jsou to zásadní finance, které vynakládáme na provoz," tvrdí Boris Čajánek. Trochu jiný pohled má na celou záležitost poradce hejtmana Jihočeského kraje pro dopravu Ivan Študlar, který však nechce konečný verdikt ministerstva nijak předjímat.
„My jsme se k tomu měli do minulého pátku vyjádřit, což jsme udělali. Jak nám bylo sděleno, byly prodlouženy lhůty, takže rozhodnutí by mělo padnout do konce letošního roku," říká Ivan Študlar, který nevidí ve způsobu financování veřejné dopravní obslužnosti žádný rozpor.
„Vše je podložené řádně uzavřenými smlouvami. Navíc jsme dokládali i názor bývalého ředitele Jana Šatavy, který potvrdil, že prostředky, které jsme vypláceli JHMD, byly vždy naprosto dostačující," vysvětlil Ivan Študlar, jenž poukazuje na to, že za Jana Šatavy byly úzkokolejka schopná fungovat za stejných podmínek.
„Bývalému vedení to nejen stačilo, ale když se podíváte na účetní závěrky, tak je jasně vidět, že dokonce vytvářeli zisk a vypláceli akcionářům dividendy," podotkl hejtmanův poradce.
Desetiletá smlouva, kterou mají JHMD s kraji uzavřenou, vyprší v roce 2019. Úzkokolejka se v posledních letech opakovaně ocitla v tíživé finanční situaci, kdy jí reálně hrozilo insolvenční řízení. To se ale zatím vždy podařilo odvrátit. Vinu firma svaluje právě na podfinancování veřejné dopravy, vedení krajů upozorňuje spíše na přebujelý management.
Na jaře letošního roku dokonce reálně hrozilo přerušení provozu na úzkorozchodných tratích. Po mediální přestřelce a do krajnosti vystupňovaném napětí nakonec zčistajasna došlo k dohodě a podepsání dodatku ke smlouvám. Než jako kompromis to ale lze spíše označit jako vítězství krajů, neboť kilometrová úhrada byla v těchto dodatcích stanovena na 61,029 koruny, což je na hony vzdálené původnímu požadavku JHMD, které chtěly 140 korun.